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안녕하세요. 반갑습니다.
수많은 중소·중견기업의 R&D 회계 자문을 이끌어 온 회계사 김태훈입니다.
이 글을 보고 계신 분들은 정부출연금을 지원받으며 연구개발 전담부서를 운영하시는 실무자나 대표님이실 것 같은데요.
"우리 연구원들 월급은 정부출연금이 아니라 회삿돈으로 줬으니 세액공제가 되지 않을까?"
"출연금으로는 연구원이 아닌 다른 직원의 급여를 주고, 자부담액만 연구개발비로 처리하면 문제없지 않을까?"
이런 고민을 한 번쯤 해보셨을 텐데요.
그래서 오늘은 정부출연금 연구개발비 세액공제 판단 기준, 그중에서도 자부담 연구개발비를 어디까지 공제받을 수 있는지에 대해 명확히 풀어드리려고 하니, 끝까지 읽어보시면 큰 도움이 되실 겁니다.
정부출연금과 연구원 인건비, 어떻게 처리해야 할까요?
연구개발 전담부서가 있는 법인이 정부출연금을 받고 연구 과제를 수행하고 있습니다.
이때 연구 전담 요원들의 인건비는 정부출연금으로 지급하지 않았습니다.
대신 다른 일반 직원의 급여를 출연금으로 충당하고, 회사가 자부담한 연구원 인건비에 대해서만 세액공제를 받으려 하는 상황입니다.
이 경우 조세특례제한법 시행령 제9조에 따라, 국가나 공공기관 등으로부터 받은 정부출연금으로 지출한 연구개발비는 원칙적으로 세액공제 대상에서 제외됩니다.
단순히 용도를 임의로 구분하여 연구원의 인건비를 회사가 부담했다고 처리하더라도, 정부출연금 연구개발비 세액공제 적용 대상이 될 수 없습니다.
결국 회사의 인건비 총액이 정부출연금을 초과하는 부분에 대해서만 세액공제 대상으로 판단됩니다.
예를 들어, 관련 인건비 총액이 1,000만 원인데 정부출연금으로 700만 원을 받았다면, 이를 초과하는 300만 원에 대해서만 세액공제 대상이 되는 것입니다.
출연금을 누구의 인건비로 썼는지 임의로 나누는 것은 소용이 없다는 점을 꼭 기억하시길 바랍니다.
그렇다면 민간부담금(자체부담금)은 무조건 공제가 될까요?
내국인이 지출한 연구개발 비용 중 민간부담금 같은 자체 지출액은 조세특례제한법에 따라 세액공제 적용이 가능합니다.
하지만 서류만 갖춘다고 무조건 인정되는 것은 아닙니다.
해당 법인의 실제 연구개발 활동 내역과 연구원들이 연구를 전담했는지 여부 등을 종합적으로 감안해야 합니다.
즉, 형식적인 구분이 아니라 실질적인 내용에 따라 사실판단을 거쳐야만 정부출연금 연구개발비 세액공제 여부가 결정된다는 점을 말씀드리고 싶습니다.
조세특례제한법과 같은 관련 제도는 실질 요건을 판단하는 과정이 매우 까다롭고 복잡합니다.
자칫 기준을 잘못 해석하면 세액공제를 받지 못하거나 추후 가산세 등 곤란한 상황을 겪으실 수도 있습니다.
정부출연금 연구개발비 세액공제는 금액이 큰 만큼, 신고 전에 요건을 한 번 더 짚어보는 것만으로도 불필요한 세금 리스크를 크게 줄일 수 있습니다.
관련 경험이 풍부한 회계사와 함께 꼼꼼하게 검토하셔서 더 이상 불확실한 기준으로 고민하지 않으셨으면 하는 마음입니다.
궁금한 점이 있으시다면 언제든 편하게 문의해 주시길 바랍니다.
감사합니다.
회계사 김태훈이었습니다.