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반갑습니다.
수백 건의 기업 세무 실무를 해결해 온 회계사 김태훈입니다.
이 글은 2026년 1월 1일부터 적용되는 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산 기준 변경(근로계약기간 → 실제 근로기간)과, 기준 변경으로 인원수가 줄어드는 경우를 보호하는 경과조치를 정리한 글입니다.
먼저 결론부터 말씀드리면, 2025년 귀속분까지는 근로계약기간 1년 이상이면 상시근로자에 포함되고, 2026년 귀속분부터는 실제 근로기간이 1년 미만이면 제외됩니다.
다만 2024년 또는 2025년에 상시근로자 수가 증가한 기업은 부칙 경과조치에 따라 일반기업 1년, 중소·중견기업 2년 동안 종전 규정을 계속 적용받을 수 있습니다.
최근 개정된 통합고용세액공제 인원수 계산 문제로 고민이 많으신 실무자나 대표님이라면, 아마 이런 질문을 하셨을 텐데요.
"이전에는 근로계약기간 기준이었는데, 이제는 실제 근로기간으로 바뀐 건가요?"
"기준이 바뀌면서 오히려 인정받는 인원수가 깎이면 어쩌죠?"
지금부터 하나씩 명확히 짚어드리겠습니다.
2026년 통합고용세액공제 상시근로자 기준, 근로계약기간에서 근로기간으로
최근 조세특례제한법 시행령 제26조의8 규정이 개정되었습니다.
과거에는 상시근로자 수를 계산할 때 '근로계약기간이 1년 미만인 자'를 인원에서 제외했습니다.
즉, 실제 일한 기간이 1년이 안 되더라도 근로계약기간이 1년 이상이라면 상시근로자에 포함시켜 주었죠.
하지만 개정된 규정에서는 '근로기간이 1년 미만인 근로자'를 상시근로자에서 제외하도록 바뀌었습니다.
여기서 꼭 짚고 넘어가셔야 할 핵심은 바로 '시행 시기'입니다. 이 개정령은 2026년 1월 1일부터 시행되도록 부칙에 규정되어 있습니다.
따라서 2025년도 인원수를 계산하실 때는 종전 규정을 그대로 적용하시면 됩니다. 계약기간이 1년 이상인 근로자라면 상시근로자에 포함시킬 수 있습니다.
하지만 2026년도부터는 개정 규정을 적용해야 하므로, 실제 근로기간이 1년 미만인 분들은 제외하고 인원을 계산하셔야 합니다.
정리하면, 2025년 귀속분은 '근로계약기간 1년 미만 제외', 2026년 이후 귀속분은 '실제 근로기간 1년 미만 제외' 기준이 적용됩니다. 연도별로 적용되는 룰이 완전히 다르므로, 통합고용세액공제 인원을 산정할 때는 기준 연도를 꼼꼼하게 구분해서 계산하시길 바랍니다.
기준 변경으로 상시근로자 수가 감소하면? 부칙 경과조치 활용법
가장 우려하시는 부분은 아마 인원수 감소로 인한 통합고용세액공제 혜택 축소일 것입니다.
2025년에는 근로계약기간 기준으로 근로자를 포함시켰는데, 2026년에는 근로기간 기준으로 갑자기 제외한다면 어떨까요? 단순히 제도의 잣대가 바뀌었을 뿐인데 2026년에 인원수가 뚝 떨어지는 억울한 상황이 생길 수 있습니다.
다행히 이런 불이익을 막기 위해 법에서는 '경과조치'라는 안전장치를 두고 있습니다.
경과조치란, 제도가 바뀔 때 기존 혜택을 받던 사람들을 보호해 주는 임시 규칙이라고 생각하시면 쉽습니다.
조세특례제한법 시행령 부칙 제2조에서 확인하실 수 있습니다.
만약 2024년이나 2025년에 상시근로자 수가 직전 연도보다 증가하셨다면, 해당 과세연도와 그 종료일부터 1년 동안은 개정 규정이 아닌 종전의 규정을 따르게 됩니다. 중소기업이나 중견기업에 해당하신다면 이 보호 기간이 2년으로 늘어납니다.
즉, 상시근로자 증가 요건을 충족해 증가분을 인정받으셨다면 정해진 기간 동안은 바뀐 규정 때문에 인원이 감소하는 피해를 겪지 않으셔도 됩니다.
바뀐 법령을 너무 걱정하지 마시고, 부칙의 경과조치를 적극적으로 활용하시길 바랍니다.
이처럼 통합고용세액공제를 비롯한 세금 제도는 해마다 자주 바뀌고, 부칙이나 예외 조항까지 챙겨야 할 만큼 무척 복잡합니다. 규정 하나를 잘못 해석하면 정당하게 받을 수 있는 공제 혜택을 놓치실 수도 있습니다.
세액공제 신고 전에 세법 경험이 풍부한 전문가와 한 번쯤 인원수 산정 기준을 점검해 보시길 권해드립니다. 작은 검토 하나가 기업의 소중한 혜택을 지켜줍니다.
궁금한 점이 있으시다면 언제든 편하게 물어봐 주시길 바랍니다.
감사합니다.
회계사 김태훈이었습니다.