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2026년 1월 1일부터 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산 시 '근로계약기간 1년 미만'이 아닌 '실제 근로기간 1년 미만' 근로자를 제외합니다. 2025년 귀속분까지는 종전 규정이 적용되며, 2024~2025년에 상시근로자가 증가한 기업은 경과조치로 일반기업 1년, 중소·중견기업 2년간 종전 규정을 계속 적용받습니다.
법인세 신고 후에도 중소기업특별세액감면을 취소하고 통합투자세액공제로 변경하는 수정신고는 가능합니다. 다만 두 제도는 중복 적용이 안 되고 최저한세로 공제가 이월될 수 있어, 어느 쪽이 유리한지 꼼꼼한 사전 검토가 필요합니다.
공동사업장이 단독사업장으로 변경되어도, 공동사업자별 상시근로자 수가 최초 공제 연도보다 줄지 않았다면 통합고용세액공제 추가 공제가 계속 가능합니다. 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액도 소멸하지 않고 10년간 이월하여 사업소득세에서 공제받을 수 있으며, 상시근로자 수는 손익분배비율로 안분해 판단합니다.
기존 사업장을 운영하다 새 업종으로 창업한 경우, 신규 사업장에는 창업세액감면을, 기존 사업장에는 통합고용세액공제를 각각 적용하고 싶어도 2025년 개업분부터는 중복 적용이 불가능합니다. 통합고용세액공제는 사업장이 아닌 사업주 전체를 기준으로 판단하기 때문이며, 애매한 사안은 국세청 서면질의로 확인받는 것이 안전합니다.
적격 요건을 못 채운 법인전환은 개인사업자 시절의 미공제 이월액을 법인이 승계받지 못합니다. 다만 포괄양수도로 상시근로자를 그대로 승계했다면, 고용 유지로 보아 이미 받은 통합고용세액공제의 추징은 피할 수 있습니다. 승계와 추징의 갈림길은 '요건 충족'과 '근로자 승계' 두 가지가 좌우합니다.